校級研究中心
| 貴重儀器中心 | Instrument Center | |
| 地理資訊系統研究中心 | Geographic Information System Research Center, National Taiwan Ocean University | |
| 人工智慧研究中心 | Artificial Intelligence Research Center(AIRC) | |
| 臺灣郵輪產學發展中心 | Cruise Industry-Academy Collaboration of Taiwan (CIACT) | |
| 馬祖海洋研究中心 | Ma-tsu Ocean Research Center | |
| 延平水下科技中心 | Shih Yen-Ping Center for Underwater Technology | |
| 海洋工程綜合實驗研究中心 | Ocean Engineering Experimental Research Center(OEERC) | |
| 智慧航運研究中心 | Intelligent Maritime Research Center | |
| 臺灣海洋基因體中心 | TAiwan Ocean Genome Center(TAoGC) |
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