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系所級研究中心

  航運管理學系 綠色航運物流研究中心Green Shipping Logistics Center (GSLC)
  運輸科學系 航行資訊研究中心
  國際運輸研究中心
  國際運輸與物流產學研究中心
  輪機工程學系 製造暨材料量測研究中心Research Center of Manufacturing and Material Measurement
  食品科學系 食品工業研究與服務中心
  食品保健與風險教育中心
  水產加值打樣中心
  水產養殖學系 水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心Traceability Certification and Inspection Center
  水生動物實驗中心Aquatic Animal Center
  海洋生物研究所 電子顯微鏡中心Electron Microscopy Center in Institute of Marine Biology
  機械與機電工程學系 先進製造工程研究中心
  水產機電系統應用中心Research Center for Electromechanical System in Aquatic Applications
  系統工程暨造船學系 振動噪音工程研究中心Center of Sound and Vibration Researches NTOU
  河海工程學系 近海防災科技研究中心
  電機工程學系 智慧電子產學研發中心NTOU Smart Electronics Industry-University R&D Center
  通訊與導航工程系 電子海圖研究中心Electronic Chart Reserch Center
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